10.13344/j.microbiol.china.160496
粪肠球菌噬菌体vB_EfaP_IME195的生物学特性及其全基因组分析
[目的]以粪肠球菌为宿主菌,从医院的污水中筛选出相应的粪肠球菌噬菌体vB_EfaP_IME 195,简称IME195,研究其生物学特性;并通过高通量测序得到其全基因组,深入研究其基因组学特征.[方法]以临床的耐药粪肠球菌为宿主菌,利用医院污水筛选噬菌体并纯化;对噬菌体IME 195生物学特性进行了深入研究,包括电镜观察噬菌体形态、最佳感染复数、一步生长曲线、噬菌体IME 195对紫外线的敏感度、对温度的耐受程度、对pH的耐受程度、对氯仿是否敏感;通过蛋白酶K/SDS法提取噬菌体IME195全基因组;Ion Torrent高通量测序;测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析.[结果]通过噬菌体梯度稀释,双层培养基平板法得到噬菌斑边缘分明、斑体透明的裂解性噬菌体IME 195,最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME195的潜伏期为30 min,暴发量为11.该噬菌体对紫外线比较敏感,对5％浓度的氯仿不敏感,噬菌体对高温比较敏感,该噬菌体在pH 6.0-8.0范围内具有良好的裂解活性;电镜观察结果显示该噬菌体属于尾病毒目短尾噬菌体科;全基因组分析表明:噬菌体IME195基因组大小只有18 607 bp (GenBank登录号为KT932700),G+C含量仅为33％.BLASTn比对结果表明,该噬菌体和GenBank中的噬菌体vB Efae230P-4只有82％的相似性.对噬菌体IME195进行了全基因组功能注释和进化分析.[结论]分离鉴定了一株粪肠球菌噬菌体,进行了生物学特性、全基因组测序和生物信息学深入分析,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础.
粪肠球菌、噬菌体、生物学特性、全基因组测序、基因组分析
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科技重大专项“十二五”实施计划项目No.2013ZX10004-605,2013ZX10004-217,2013ZX10004-607,2011ZX10004-001;国家高技术研究发展计划项目863计划No.2014AA021402,2012AA022-003;国家自然科学基金项目No.81572045China Mega-Project on Infectious Disease Prevention No.2013ZX10004-605,2013ZX10004-217,2013ZX10004-607,2011ZX10004-001;National High-Tech Research and Development Program of China 863 Program No.2014AA021402,2012AA022-003;National Natural Science Foundation of China No.81572045
2017-03-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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