东乡野生稻内生放线菌Streptomyces sp.PRh5的全基因组测序及序列分析

摘要：

[目的]Streptomyces sp.PRh5是从东乡野生稻(Oryza rufipogon Griff.)中分离获得的一株对细菌和真菌都具有较强抗菌活性的内生放线菌.为深入研究PRh5菌株抗菌机制及挖掘次级代谢产物基因资源,有必要解析PRh5菌株的基因组序列信息.[方法]采用高通量测序技术对PRh5菌株进行全基因组测序,然后使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、直系同源簇(COG)聚类分析、共线性分析及次级代谢产物合成基因簇预测等.[结果]基因组组装获得290 Contigs,整个基因组大小约11.1 Mb,GC含量为71.1％,序列已提交至GenBank数据库,登录号为JABQ00000000.同时,预测得到50个次级代谢产物合成基因簇.[结论]将为Streptomyces sp.PRh5的功能基因组学研究及相关次级代谢产物的生物合成途径与异源表达研究提供基础.

关键词：东乡野生稻、内生放线菌、抗菌活性、全基因组测序、生物合成基因簇

所属期刊栏目：42

资助基金：国家“十二五”科技支撑计划项目No.2011BAC13B04;国家自然科学基金项目No.31260137;江西省青年科学基金项目No.20132BAB214006;江西省教育厅基金项目No.GJJ13211,GJJ14250

在线出版日期：2015-05-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：801-809