链霉菌基因组中放线菌型整合性接合元件的识别
[目的]链霉菌染色体重组和外源DNA片段插入是影响其遗传多样性的主要因素.旨在考察放线菌型整合性接合元件(AICE)在链霉菌遗传多样性中所发挥的作用.[方法]基于AICE的特征性模块,采用隐马尔科夫模型预测链霉菌基因组序列中的AICEs.[结果]在已全测序的12条链霉菌染色体和35个质粒中,共识别出29个AICEs,其中12个为首次报道.Streptomyces coelicolor基因组中发现了4个AICEs,而其近缘的Streptomyces lividans却没有.[结论]AICEs都整合在链霉菌染色体的核心区,且都具有典型的整合环出、复制和接合转移等核心模块,这些可自行转移的元件在链霉菌基因组可塑性中扮演了重要角色.
链霉菌基因组、放线菌型整合性接合元件、隐马尔科夫模型
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国家自然科学基金项目31170082,21276197;国家973计划项目2012CB721002
2014-01-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共12页
2259-2270
