猎豹(Acinonyx jubatus)肠道微生物多样性及其性别差异研究
[目的]探讨猎豹(Acinonyx jubatus)肠道微生物多样性特征.[方法]通过采集新鲜粪便样品,对9只健康成年野生猎豹(4只雄性,5只雌性)的肠道微生物16S rRNA基因V3-V4区进行高通量测序,对猎豹肠道微生物多样性进行研究.[结果]测序共获得肠道微生物16S rRNA基因V3-V4区有效序列599349条,序列平均长度405 bp.通过以97％的序列相似性进行分类,共获得操作分类单元(OTU) 268个.经序列比对和分类鉴定,这些OTU都属于细菌域,包括10个门,21个纲,35个目,72个科,144个属.其中,丰度最高的5个细菌门是厚壁菌门(Firmicutes,平均占OTU总数的42.29％％)、放线菌门(Actinobacteria,31.54％)、梭杆菌门(Fusobacteroidetes,16.66％)、变形菌门(Proteobacteria,5.30％)和拟杆菌门(Bacteroidetes,4.19％).拟杆菌门的丰度较低是猎豹肠道微生物的主要特征.丰度最高的5个科依次是红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae,31.28％)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae,平均占17.66％),梭杆菌科(Fusobacteriaceae,15.46％)、毛螺菌科Lachnospiraceae,12.40％)、梭菌科Ⅰ(Clostridiaceae_Ⅰ,6.93％)等.丰度最高的5个属依次是柯林斯氏菌属(Collinsella,30.16％)、梭杆菌属(Fusobacterium,15.46％)、艰难梭菌属(Peptoclostridium,11.46％)、Blautia属(8.28％)和狭窄梭菌属1(Clostridium_sensu stricto_J1,6.39％).约有2.32％的OTU没有归类到属.群落alpha多样性分析结果显示,猎豹肠道微生物群落Shannon指数为2.93-4.41,Simpson指数为0.72-0.91.通过依据性别进行分组,对雌雄两组之间的alpha多样性比较表明,雄性组的物种和Shannon指数略高于雌性组.Beta多样性分析表明,雌雄两组之间的差异高于各组内部不同个体之间的差异.然而,聚类分析显示,相同性别的猎豹的肠道微生物并没有聚在一起.[结论]本文通过高通量测序技术研究了猎豹肠道微生物多样性特征和性别差异,为猎豹的保护、救护饲养和消化生理学研究提供了基础数据.
猎豹、肠道微生物群落、16S rRNA基因、高通量测序
59
国家自然科学基金31400473;山东省林业科技创新计划LYCX07-2018-36;山东省高等学校科技计划J14LE16Supported by the National Natural Science Fundation of China31400473;by the Forestry Science and Technology Innovation Plan of Shandong ProvinceLYCX07-2018-36;by the Science and Technology Plan Project for Colleges and Universities in Shandong Province of ChinaJ14LE16
2019-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共14页
1723-1736
