基于16S rRNA基因高通量测序研究狞猫肠道微生物多样性
[目的]研究狞猫肠道微生物多样性特征.[方法]对7只健康成年野生狞猫(2只雄性,5只雌性;2只来自济南野生动物园,5只来自威海野生动物园)粪便微生物16S rRNA基因V3-V4区进行高通量测序,对狞猫肠道微生物多样性进行研究.[结果]7只狞猫共获得肠道微生物16S rRNA基因V3-V4区有效序列1458741条,平均208392条,序列平均长度433 bp.通过以97％的序列相似性进行分类,获得操作分类单元(OTU)平均233个.经序列比对和分类鉴定,这些OTU都属于细菌域,包括13个门,26个纲,43个目,75个科,119个属.其中,丰度最高的细菌门是厚壁菌门(Firmicutes,平均占61.7％)、放线菌门(Actinobacteria,12.42％)、拟杆菌门(Bacteroidetes,7.79％)、梭杆菌门(Fusobacteroidetes,7.79％)和变形菌门(Proteobacteria,7.53％).丰度最高的科依次是消化链球菌科(Peptostreptococcaceae,平均占16.15％),梭菌科Ⅰ(Clostridiaceae_I,14.78％),毛螺菌科(Lachnospiraceae,13.13％),红蝽杆菌科(Coriobacteriaceae,12.31％)等.丰度最高的属是柯林斯氏菌属(Collinsella,11.44％),艰难梭菌属(eptoc lostridium,10.91％),狭窄梭菌属1(Clostridium_sensu_stricto_1,10.3％),拟杆菌属(Bacteroides,7.41％),消化链球菌属(Peptostreptococcus,5.21％)等.7只狞猫的肠道微生物中有平均15.35％的OTU没有归类到属.样本间聚类分析结果表明,来自同一动物园的样本聚为一支.[结论]本文通过高通量测序技术研究了狞猫肠道微生物的组成和多样性特征,为狞猫的救护饲养和消化生理学研究提供基础数据.
肠道微生物、狞猫、16S rRNA基因测序
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国家自然科学基金31400473;山东省林业科技创新计划LYCX07-2018-36;山东省高等学校科技计划J14LE16;国家级大学生创新创业训练计划201710446077Supported by the National Natural Science Fundation of China31400473;by the Forestry Science and Technology Innovation Plan of Shandong ProvinceLYCX07-2018-36;by the Science and Technology Plan Project for Colleges and Universities in Shandong Province of ChinaJ14LE16;by the National College Students' Innovation and Entrepreneurship Training Program of China201710446077
2019-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共10页
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