副溶血性弧菌CRISPR的检测及其结构分析
[目的]检测副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus,简称VP)中规律成簇间隔的短回文序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR),并对不同来源的VP中CRISPR位点的结构多样性进行分析.[方法]根据CRISPR DB数据库中公布的VP中确定的CRISPR结构序列CRISPR-1及文献中新发现的疑似CRISPR结构序列CRISPR-2设计引物,对不同来源的79株VP进行PCR扩增.利用CRISPR Finder分析CRISPR结构,采用生物信息学方法对不同来源VP的CRISPR位点结构多样性进行比较分析.[结果]79株VP中CRISPR-1的检出率为92.41％,CRISPR-2的检出率为96.20％,同时具有这2个位点的菌株占总数的89.87％,只有1株菌被检出不含有任何位点.分别比较不同来源的菌株CRISPR-1、CRISPR-2位点的重复序列发现不存在序列差异,而临床菌株的这2个CRISPR位点在间隔序列上比环境分离菌株存在更多的变异.2个CRISPR位点根据间隔序列的不同在VP中一共组成8种CRISPR谱型(编号A-H),除F谱型外,A-E、G谱型均只在临床分离菌株中发现,而在环境分离菌中还发现不含任何位点的H型.[结论]CRISPR在VP中普遍存在.环境分离菌株与临床分离菌株中CRISPR的结构存在差异.
不同来源、副溶血性弧菌、CRISPR、结构
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S64;S6
the National Natural Science Foundation of China31571917,31671779;by the Key Project of Shanghai Agriculture Prosperity through Science and Technology [20154-8;20161-1],by the Innovation Program of Shanghai Municipal Education Commission and by the "Dawn" Program of Shanghai Education Commission 15SG48国家自然科学基金31571917,31671779;上海市科技兴农重点攻关项目2015第4-8号2016第1-1号;上海市教育委员会科研创新计划;上海市教委“曙光计划”15SG48
2017-11-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
1612-1620
