mariner 转座子pKKma的序列分析及转座性能

摘要：

[目的]本研究针对携带mariner转座子的质粒pKKma,进行序列分析和功能注释.[方法]根据已知序列设计引物测定质粒序列.构建转座子突变文库,分析转座子转座效率.[结果]序列分析发现,质粒pKKma全长6879 bp,具有7个开放阅读框.其中,阅读框ORF6编码mariner转座酶(348 aa),属于mariner转座子Himar1转座酶的C9变种;pKKma有2个相同的27 bp的反向重复序列(inverted terminal repeats);阅读框ORF7为庆大霉素抗性基因aacC1,位于转座子反向重复序列之间,与其它mariner转座子可转移序列比对发现,覆盖率仅为2.0％-47.7％,相应同源程度为3.2％-99.7％,可转移序列具有较大差异.转座效率分析显示,该转座子对于粘质沙雷氏菌的转座效率为(3.1×10-4)-(4.8 ×1O-4),对于弗氏柠檬酸菌的转座效率为(1.3 ×10-3)-(1.7 ×10-3).[结论]质粒pKKma携带一种新的mariner转座子,可在多种细菌中构建转座子文库,研究细菌基因的功能.

关键词：mariner转座子、测序、功能注释、转座效率

所属期刊栏目：55

分类号：Q933(微生物学)

资助基金：Supported by the Natural Science Foundation of China 31370205;国家自然科学基金面上项目31370205

在线出版日期：2015-04-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：366-371