水稻纹枯病菌Rspg1基因的克隆、表达及其编码产物生物信息学分析

摘要：

[目的]为克隆、表达水稻纹枯病菌Rspg1基因,明确其编码产物的生物学特性,为研究该基因在病菌致病过程及与寄主互作中的作用提供理论依据.[方法]据GenBank提供的相关序列设计特异引物扩增目的基因,并对之进行原核表达和生物信息学分析.[结果]从水稻纹枯病菌基因组DNA中扩增出一1395 bp的目的片段.RT-PCR分析表明,该片段为Rspg1基因的完整开放阅读框,含有5个内含子(278-334,57 bp;545-601,57 bp;657-715,59 bp;1090-1155,66 bp;1244-1304,61 bp),编码区为1 095 bp,编码一含有364个氨基酸的蛋白.原核表达RspgJ基因,表达产物大小约为40 kDa,具明显的多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase,PG)活性,活性值为277.78 U/mg.生物信息学分析表明,RsPG1中含有所有生物PG特有的严格保计序列180 NTD、202 DD、223 GHG和255RIK,存在一18个氨基酸的信号肽分子;二级结构以α-螺旋、β-折叠和随机卷曲为其基本结构单元,6个半胱氨酸残基形成3个二硫键,跨膜结构预测以从胞内向胞外分泌为主;三级结构为10个重复的β-折叠环按右手螺旋规则排列形成的螺旋结构,形成一个开放的有活性的裂隙结构.[结论]Rspg1基因编码产物为一40 kDa蛋白,具明显的PG(Polygalacturonase,PG)活性,以胞外分泌为主,且有一个开放的有活性的裂隙结构.

关键词：Rspg1基因、克隆和表达、生物信息学分析、水稻纹枯病菌

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分类号：Q933(微生物学)

资助基金：转基因重大专项2014ZX08001-003B;江苏省自然科学基金BK2010305;the National Transgenic Key Project2014ZX08001-003B;by the Natural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBK2010305

在线出版日期：2014-05-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：391-397