蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展

摘要：

分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.

关键词：蛋白质-蛋白质分子对接、打分函数、打分策略、结合位点信息

所属期刊栏目：28

分类号：O641(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家自然科学基金10974008,31171267;教育部博士点基金项目200800050003;科技部国际合作项目2010DFA31710

在线出版日期：2012-06-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：751-758