A1腺苷受体的同源模建及其结构验证

摘要：

采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拈抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的测试库,分别通过DOCK、VINA和GOLD三种对接软件进行评价,最终得出合理的蛋白质模型.根据top10%的富集因子(EF)和ROC曲线下面积(AU-ROC)的计算结果,我们认为GOLD是最适合A1腺苷受体的对接软件,而12个蛋白质结构中F5和Favg的三维结构模型比较合理,可以作为进一步大规模虚拟筛选的模型.

关键词：分子动力学模拟、A1腺苷受体、同源模建、GOLD、虚拟筛选

所属期刊栏目：26

分类号：O641(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家科技重大专项关键技术基金2009ZX09501-002

在线出版日期：2010-12-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：2833-2839