温控分子动力学研究微管蛋白活性肽链的折叠机制

摘要：

运用温控和常温分子动力学方法,研究了微管蛋白活性部位Pep1-28肽链的折叠机制,总模拟时间为380.0 ns.对于温控分子动力学,逐渐降温可以清晰显示Pep1-28肽链的折叠途径,发生明显折叠的温度约为550 K,其折叠和去折叠可逆机制为U(＞1200 K)←→I1(1200-1000 K)←→I2(800 K)←→I3(600 K)←→I4(450 K)←→F1(400 K)←→F2(300 K),其中U为去折叠态构象,I1、I2、I3和I4是折叠过程中的四个重要的中间态构象,F1和F2是两个结构相近的折叠态构象.对于常温(300 K)分子动力学,其构象转变和折叠过程相当迅速,很难观察到有效、稳定的中间态构象.尤其引人注意的是,其折叠态结构陷入了能量局域极小点,与温控(300 K)的有较大差异,两者能量差高达297.53 kJ·mol-1.可见,温控分子动力学方法不仅清晰地显示多肽和蛋白质折叠过程的重要中间态构象,为折叠和去折叠机制提供直接、可靠的依据,而且还有助于跨越较高的构象能垒,促使多肽和蛋白质折叠以形成全局能量最低的稳定结构.

关键词：微管蛋白、温控分子动力学、构象分析、折叠机制、中间态

所属期刊栏目：25

分类号：O641(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家"十一五"科技支撑计划2006BAD18B04;东北林业大学引进人才基金220-602042;中国博士后基金20060400802;东北林业大学优秀博士论文培育计划140-602051

在线出版日期：2009-06-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：773-782