DNA小沟结合二脒:水分子的识别作用

摘要：

采用分子动力学模拟了DB921-DNA复合物,通过7 ns的模拟研究表明:DB921-端的氨基氮原子与一个水分子形成氢键,同时,水分子又与DNA的5位A碱基的氮原子形成一个氢键.水分子在DB921与DNA小沟结合中起了桥连的作用,使得直线型的芳香二脒化合物DB921通过水桥与DNA小沟结合,水分子诱导DB921分子与DNA的小沟域构型相适应,与DNA小沟域的AATYC碱基有较强的结合作用.在分子水平上提供了DB921与双螺旋DNA相互作用的结构及复合物的动态变化情况,指出水分子在DNA小沟结合二脒化合物中的识别作用,为设计出更高生物活性的DNA小沟结合剂提供一定的理论依据.

关键词：小沟结合、二脒、水分子、分子识别

所属期刊栏目：24

分类号：O641(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：广东省自然科学基金07300160

在线出版日期：2008-12-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1917-1921