环多肽晶体的浮动电荷极化力场模拟

摘要：

利用原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)对五种环多肽晶体进行了研究.与传统力场相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理地体现了分子中的电荷分布.相对其他极化力场模型,具有计算量较小的特点.该模型下计算得到的环多肽分子单元相对实验测得的结构的原子位置、氢键长度和二面角的均方根偏差分别为0.009 nm、0.013 nm和5.16°,能够很好地重复实验结果.总体上,其结果优于或相当于其他力场模型,适用于对实际蛋白质体系的模拟和研究.

关键词：原子键电负性均衡结合分子力场方法(ABEEM/MM)、环多肽、极化力场、浮动电荷模型、氢键

所属期刊栏目：22

分类号：O6(化学)

资助基金：国家自然科学基金20173025;20373021

在线出版日期：2006-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1243-1247