针对蛋白质复合物Other类型的打分函数

摘要：

在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRI benchmarkl中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.

关键词：打分函数、原子接触能、残基成对势、Other类复合物、CAPRI

所属期刊栏目：22

分类号：O641;Q617(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：中国科学院资助项目30400087,10574009;广东省博士启动基金20040005013;北京市自然科学基金5042003

在线出版日期：2006-06-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：622-626