一组和AMBER力场配合的普适波恩模型参数
提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数,预测了44个小分子的水合自由能,预测值和实验值能很好地吻合,而且大大优于采用Jayaram参数得到的结果.此外,采用新的参数,还预测了15个蛋白质的水合自由能,预测值和PB/SA预测得到的结果能很好地吻合.
水合自由能、溶剂效应、普适波恩 (GB)模型、泊松 玻尔兹曼 (PB)方程
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O641;O645(物理化学(理论化学)、化学物理学)
国家自然科学基金29992590-2
2004-01-08(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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