基于贪婪算法的疾病相关蛋白质子网搜索

摘要：

各种研究结果不断证明,人类各种常见疾病都属于复杂疾病,是由多基因、多因素、遗传和环境共同作用的结果.借助于高通量生物技术的飞速发展,生物学家建立起了蛋白交互网络,如果借助复杂网络研究的方法,从这些网络中找出与疾病相关的蛋白质子网络,将有助于我们更深入地了解生物体的运作机制.本文提出了一种基于贪婪算法的搜索方法,能够自动地搜索整个网络中的子网或模块,并且能够结合芯片数据同时进行T检验来判断子网络对疾病表型的区分能力.通过计算子网的P值,给出该蛋白质子网络的统计显著性值并进行区分能力排序.运行结果表明,本方法不但能够用于发现已知的疾病蛋白,而且能够对未知的蛋白进行预测,结合生物芯片技术,将会对疾病基因的研究提供有价值的信息.

关键词：蛋白交互网络、贪婪算法、蛋白质子网、C++

所属期刊栏目：26

分类号：TP391.4;Q811.4(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2014-07-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：188-189,217