DNA质量筛选算法研究

摘要：

DNA测序过程中，每个碱基具有一个质量值，其值都会与合格质量有所偏差。为了保证测序的准确性，偏差过大的碱基须淘汰，于是原来100 bp的DNA序列根据淘汰碱基的位置而缩短成若干序列片段了。最后选取其中最长的碱基片段，即DNA质量筛选。传统质量筛选算法虽然思路简单，但合格碱基过于分散。为了解决这一问题，上海生命科学院介绍了“滑窗算法"，能选取出60%以上的碱基片段，大大提高了碱基有效片段的长度。在此基础上，文中提出了“双侧变值滑窗算法"。经测试表明，文中算法能选取出70%以上的碱基片段，进一步提高了碱基片段有效长度和DNA测序的准确性。

关键词：DNA质量筛选、滑窗算法、碱基有效片段、双侧变值

分类号：tP301.6

资助基金：国家“863"高技术发展计划项目2003AA001018

在线出版日期：2015-08-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：41-44