基于关系相似性的蛋白质交互作用识别

摘要：

针对目前蛋白质提取方法仅以单句信息为依据的不足，文中提出了以相似性为框架基于大规模文本的蛋白质交互关系识别方法。首先通过搜索医学文献数据库建立蛋白质对的签名档，然后提取签名档中的重要特征建立蛋白质对的向量空间模型，最后通过K近邻分类方法判断蛋白质对的交互关系。实验比较了向量空间模型下不同的距离度量策略对分类效果的影响，得出了比较合理的衡量相似性的函数。结果表明基于大规模文本采用基于余弦距离度量相似性的近邻方法识别蛋白质交互关系取得了较高且均衡的精确度和召回率，并且此方法直接利用了已有的交互信息，从而免除了额外的人工标注负担。

关键词：关系相似性、蛋白质交互、空间向量模型、K近邻分类

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目61202132

在线出版日期：2015-03-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：42-46