基于支持向量机的蛋白质相互作用位点预测

摘要：

蛋白质的功能常体现在生物大分子的相互作用中,识别蛋白质相互作用位点对于研究蛋白质功能发挥着重要作用.蛋白质问主要通过表面残基发生相互作用,蛋白质相互作用形成复合体时,只有部分表面残基参与了该过程.基于序列谱信息,提取序列上相邻残基的序列谱作为输入特征向量,对大小为3和7的残基信息窗(win3,win7),分别采用支持向量机(SVM)分类器对蛋白质相互作用位点进行预测、比较和分析.最终实验结果为:win3的平均正确率为69.31%,win7的平均正确率为69.68%.

关键词：蛋白质相互作用、序列谱、残基信息窗、支持向量机

所属期刊栏目：18

分类号：TP183(自动化基础理论)

资助基金：安徽省自然科学基金KJ20078239;安徽建筑工业学院青年科研基金200510304;安徽省高校青年教师科研资助计划2007jql140

在线出版日期：2008-11-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：127-129,132