丹参miR408基因前体序列的克隆及表达分析

摘要：

MiR408是植物中一类高度保守的miRNA,其靶基因编码含铜蛋白,miR408的表达受植物生长发育和环境条件的显著影响.拟南芥中miR408在HY5-SPL7基因网络中起着关键作用,而HY5-SPL7基因网络可介导拟南芥对光照和铜离子的协调应答,进一步表明miR408在植物对环境的响应中发挥了核心作用.本研究基于丹参基因组Survey数据库,从中搜索并克隆得到366 bp的含有稳定茎环结构的miR408前体序列及其上游723 bp片段的启动子区,GenBank登录号分别为KU360384和KU360385,并将miR408的前体序列命名为SmMIR408.生物信息学分析结果显示:Sm-MIR408上游启动子序列与模式植物拟南芥Ath-MIR408、水稻OsaMIR408启动子区具有许多相同的顺式作用元件,如G-box、CGTCA-motif、TGACG-motif、GTAC-motif等,而HSE、CATT-motif作用元件仅存在于丹参启动子区;miR408成熟序列在不同物种中具有很高的保守性;基于不同物种miR408前体序列构建的系统进化树显示,来源于单子叶植物的miR408前体序列聚为一支,来源于双子叶植物的miR408前体序列聚为另一支.实时定量PCR分析结果显示:Sm-MIR408在丹参的根、茎、叶、花中都有表达,其在花中的表达量最高,根中最低;Sm-MIR408的表达受茉莉酸甲酯和伤害的抑制,黑暗和持续光照也可抑制该基因的表达.Sm-MIR408基因的克隆与表达分析为今后研究丹参miR408的功能奠定了基础.

关键词：丹参、miR408、前体序列、表达分析

所属期刊栏目：34

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：陕西省自然科学基金项目2014JQ3107;中央高校基本科研业务费专项资金项目GK201302043;陕西师范大学勤助科研创新基金项目KY2015ZD05.This work was funded by grants from the Natural Science Foundation of Shaanxi Province 2014JQ3107,Fundament Research Funds for the Central Universities GK201302043,and Shaanxi Normal University Work-Study Program For Scientific Research Innovation Fund KY2015ZD05.

在线出版日期：2016-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：430-438