基于转录组测序信息的水生植物莕菜SSR标记开发

摘要：

利用软件MISA对水生植物莕菜转录组测序所获得的79536条EST序列进行分析,共检测出12319个EST-SSR位点.在莕菜的EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的57.31％和30.87％,其中AG/CT、AAG/CTT分别是二、三重复单元类型的优势重复基元,分别占总SSR的29.76％和8.66％.随机挑选了130对EST-SSR引物对莕菜两个居群进行遗传多样性检测,结果发现:78对引物能扩增出清晰可分辨的条带,其中37对能成功检测出多态性,引物多态率为47.44％.这些多态性引物共检测出114个等位基因,每个位点2～6个,平均3.08个.观测杂合度(Ho)及预期杂合度(He)分别在0.229 ～1.000和0.351～0.756之间,多态信息含量PIC值在0.286～0.698之间,平均达0.495.以上研究结果表明,通过莕菜转录组测序产生的EST数据来开发SSR标记是一种简单而高效的途径,这些新的SSR分子标记为研究莕菜的居群遗传多样性及其遗传结构提供了工具.

关键词：水生植物、莕菜、转录组测序、EST、SSR

所属期刊栏目：31

分类号：Q347(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基金资助项目30970195,31270278

在线出版日期：2013-12-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：485-492