菊花EST-SSR标记的开发与应用
从NCBI(National Center for Biotechnology Information)数据库下载7259条菊花相关表达序列标签(EST)序列,经去除冗余序列拼接后得到3 784条Uni-ESTs,总长度为2 088.6 kb.用MISA软件查找其简单重复序列(SSR)位点,共获得407个SSR位点,分布于355条EST上,出现的频率为10.76％.在搜索到的EST-SSR中,三核苷酸重复类型占主导地位,所占比例为47.42％.共观察到76种重复基元,出现最多的重复基元是A/T和ACC/GGT,其次为ATC/ATG,AAC/GTT,AC/GT,AAT/ATT.根据搜索结果随机设计了24对菊花EST-SSR引物,对14个菊花品种进行PCR扩增,发现有12对引物有较清晰且稳定的扩增产物(其中10对引物的产物存在多态性),共检出37个位点(其中多态性位点32个),平均每对引物可扩增出3.2条多态性片段.遗传相似性分析显示,14个品种的遗传相似系数在0.61～0.84之间,平均相似系数为0.67.
菊花、表达序列标签(EST)、简单重复序列(SSR)、遗传多样性
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Q94(植物学)
国家自然科学基金31100182;河南理工大学博士基金B2008-25
2013-10-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共6页
357-362
