改进的蚁群算法在2D HP模型中的应用

摘要：

针对蛋白质二维格模型(2D HP)折叠问题提出了一种改进的蚁群算法(Ant Colony Optimization Algorithm),在算法的搜索阶段采用了牵引移动(pull moves)的方法:首先按照一定规则移动一个或两个顶点的位置,然后将其他顶点沿着链依次向前移动两个位置,一旦达到一个新的有效构象则停止该移动.该方法的优点是大多数移动只需改变很少的顶点位置,使得改进后的蚁群算法具有较快的收敛速度.求解基准实例的结果表明,该算法在保证解的质量的前提下能大大缩短计算时间.

关键词：蛋白质折叠、格模型、蚁群算法、生物信息学

所属期刊栏目：51

分类号：O242.28(计算数学)

资助基金：国家自然科学基金30170214

在线出版日期：2005-04-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：33-38