食管鳞癌差异表达基因鉴定及亚洲人食管鳞癌预后lncRNA功能分析

摘要：

目的 用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能.方法 通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析.利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能.结果 通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA 2 064个,lncRNA 1 160个,miRNA 69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.GEO、TCGA共有差异表达lncRNA 26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关.GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展.结论 通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物.

关键词：ESCC、ceRNA网络、生存分析、GO及KEGG、PPI

所属期刊栏目：28

分类号：R735.1(肿瘤学)

在线出版日期：2019-06-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：532-537