10.13729/j.issn.1671-7813.Z20221690
结直肠癌与铜死亡相关基因的相关性研究
目的 探讨结直肠癌(colorectal cancer,CRC)与新型铜死亡相关生物标志物的相关性,为治疗CRC患者预后提供理论支持.方法 在研究中,CRC患者的LncRNA表达谱、临床数据以及突变数据下载来自癌症基因组图谱(TC-GA)CRC数据库,使用R4.1.1软件筛选出与铜死亡相关LncRNA,通过单因素Cox回归分析得到与CRC预后相关的铜死亡LncRNA,采用LASSO Cox回归及交叉验证及多因素Cox分析得出的最显著的LncRNA构建最优预后模型.根据得到的风险评分,将纳入的结直肠癌患者划分为高风险组和低风险组.对构建的模型进行Kaplan-Meier进行生存(OS)及无进展生存期差异分析.同时建立ROC曲线对模型进行验证并建立临床分组验证.随后对差异基因进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析.我们还计算了泛癌数据中TMB状态与基因表达之间的相关性,筛选出对CRC治疗的敏感药物.结果 获得36个铜死亡预后相关的LncRNA,且使用LASSO Cox回归及交叉验证及多变量Cox分析从上述36个具有预后意义的铜死亡相关的LncRNA中筛选出17个显著相关的LncRNA(DEGs).接着使用Kaplan-Meier生存分析、无进展生存期及风险差异分析,证明高低风险组是有差异的(P＜0.05),ROC曲线显示该预后模型曲线下面积在1年内为0.749,2年内为0.705,3年内为0.710.GO分析结果显示这些交集基因在生物过程主要富集于细胞二价无机阳离子同源等,细胞成分主要富集在含胶原蛋白的细胞外基质,在分子功能主要富集在受体配体a等.KEGG提示主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用和吞噬体等通路.肿瘤突变负荷的生存分析和药物敏感性是有差异的.结论 通过生物信息学方法,构建了 17个与铜死亡相关基因的预后模型,可能奠定了结直肠癌患者的个体化治疗和评估的基础.
结直肠癌、TCGA、铜死亡、预后模型、肿瘤突变、潜在药物选择
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R73(肿瘤学)
国家自然科学基金82060834
2024-02-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共6页
41-45,后插6-后插9
