10.13267/j.cnki.syzlzz.2023.023
焦亡相关基因在胃腺癌中的表达及预后相关性分析
目的 通过生物信息学方法筛选与胃腺癌(stomach adenocarcinoma,STAD)诊断、预后及免疫浸润相关的焦亡相关基因(pyroptosis-related genes,PRGs).方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载数据,利用Networkanalyst数据库筛选在STAD中差异表达的PRGs,通过STRING数据库构建差异表达PRGs的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络.利用Cox回归分析鉴定与STAD患者预后相关的PRGs,并构建列线图展示预后风险模型.利用GSE54129和GSE27342数据集对相关结论进行验证.TIMER数据库分析差异表达PRGs与STAD中免疫细胞浸润的相关性.结果 筛选出STAD中41个差异表达PRGs,其中有36个PRGs表达升高,5个PRGs表达降低(均P<0.05).在STAD中表达升高且与患者不良预后相关的PRGs有5个,分别是带电多泡体蛋白3(charged multivesicular body protein 3,CHMP3)、焦孔素E(gasdermin E,GSDME)、白介素1α(interleukin 1 alpha,IL1A)、NIMA相关激酶7(NIMA related kinase 7,NEK7)及胎盘生长因子(placental growth factor,PGF;均P<0.05).多因素Cox回归分析表明,IL1A可作为预测STAD患者总生存率的独立预后危险因素(P<0.05).在验证数据集GSE54129和GSE27342中分析表明,IL1A在胃癌组织中表达升高(均P<0.05),与TCGA数据库得出的结论一致.功能富集分析提示,STAD中这些PRGs主要参与固有免疫应答、炎症和细胞焦亡等过程.将相关系数│r│>0.5设为筛选标准,发现9个与STAD免疫细胞浸润具有相关性的PRGs,分别是鸟苷酸结合蛋白5(guanylate binding protein 5,GBP5)、载脂蛋白E(apolipoprotein E,APOE)、组织蛋白酶G(cathepsin G,CTSG)、黑色素瘤缺失基因2(absent in melanoma 2,AIM2)、含NLR家族CARD域蛋白4(NLR family CARD domain containing 4,NLRC4)、髓系细胞表达的触发受体2(triggering receptor expressed on myeloid cells 2,TREM2)、Z-DNA结合蛋白质1(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)、中性粒细胞弹性蛋白酶(elastase,neutrophil expressed,ELANE)及CD274.这些PRGs主要和STAD中T细胞、调节性T细胞、巨噬细胞以及树突状细胞的浸润具有相关性(均P<0.05).结论 IL1A可作为STAD患者诊断和预后的潜在标志物,且在STAD中这些PRGs主要参与固有免疫应答的调节以及和多种免疫细胞的浸润相关.
胃腺癌、生物信息学、焦亡、焦亡相关基因、预后、免疫浸润、白介素1α
38
R737.9;R575.3;R631
国家自然科学基金;国家自然科学基金;国家自然科学基金
2023-04-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共14页
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