基于生物信息学技术分析恶性胸膜间皮瘤信号通路与核心基因

摘要：

目的 利用生物信息学技术分析恶性胸膜间皮瘤(MPM)的潜在作用机制与核心基因.方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载GSE51024 的基因表达谱.使用R语言包筛选差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)及系统分析基因功能、基因组信息数据库(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析.随后,构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选出网络中的核心基因.最后,在癌症基因组图谱(TCGA)队列中验证核心基因的总生存期.结果 共获得 574 个DEGs,包括176 个上调基因和398 个下调基因.此外,它们在蛋白质消化和吸收、补体和凝血级联、细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路有显著富集.通过构建PPI网络,筛选出 16 个核心基因:TOP2A、EZH2、NDC80、CCNB1、KIF11、CDC20、TTK、CEP55、BUB1B、HMMR、MELK、RRM2、PBK、NCAPG、KIF15 和KIF20A.预后分析表明这 16 个核心基因的高表达与MPM患者的总生存期差有关.结论 TOP2A、EZH2、NDC80、CCNB1、KIF11、CDC20、TTK、CEP55、BUB1B、HMMR、MELK、RRM2、PBK、NCAPG、KIF15 和KIF20A等 16个核心基因与MPM预后相关,是MPM诊断、治疗的潜在生物标志物.

关键词：计算生物学、恶性间皮瘤、信号通路、核心基因

所属期刊栏目：30

分类号：R736.1;R319;TP3

在线出版日期：2023-09-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：82-86,后插1-后插2,封3