长沙市GⅠ.6[P11]重组型诺如病毒引起的暴发疫情全基因组序列特征分析

摘要：

目的 对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析.方法 采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GⅠ和GⅡ型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框(open reading frame,ORF),测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行全基因组序列测定和分析.结果 采集的6份标本中有2份病例标本和1份井水标本诺如病毒GⅠ型阳性,基于核酸序列的进化树分析发现ORF1区域序列位于GⅠ.P11型别分支,ORF2区域序列位于GⅠ.6型别分支.3份阳性标本毒株序列之间的同源性为99.8％～100.0％.全基因组序列毒株编号为Hu/CSNV0501/2017,基因组编码区全长为7 602 bp.Simplot软件分析重组位点位于ORF1区域序列约5 341 bp.结论 本次疫情的传染源为井水污染传播,引起此次胃肠炎疫情的病原体为诺如病毒GⅠ.6[P11]重组型.应加强对长沙市诺如病毒少见重组亚型的监测,为重组毒株的遗传进化和疫情防控提供参考.

关键词：诺如病毒;急性胃肠炎;GⅠ.6[P11];全基因组序列;基因重组

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分类号：R183.4(流行病学与防疫)

资助基金：长沙市自然科学基金资助项目kq2014018,长沙市环境污水及临床腹泻病例诺如病毒监测和分子流行病学研究长沙市卫生计生委科研计划课题基于二代测序技术的长沙地区重症手足口病病例病原谱研究

在线出版日期：2021-11-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1328-1331