水稻OsRIP基因家族的全基因组鉴定及其表达分析

摘要：

水稻(Oryza sativa)中RIP基因家族编码典型的E3泛素连接酶,在生长发育、逆境响应过程中发挥重要作用.利用水稻基因组数据,采用生物信息学方法鉴定了水稻中的RIP基因家族成员,鉴定到6个RIP家族基因,命名为OsRIP1～6,其编码区长度在906～1086 bp之间,分布在5条染色体上,内含子数量为2～3个.水稻中RIP基因被分为3个亚家族,每个亚家族的内含子数量、基因结构、motif基本一致.蛋白结构域分析结果表明,在水稻中,RIP家族的所有成员均含有SINA和RING结构域.共线性分析显示,水稻与玉米存在最多的共线对,与拟南芥不存在共线对.对启动子顺式作用元件分析发现,RIP基因启动子区有多个非生物胁迫响应元件、光响应元件及激素响应元件.另外,还分析RIP基因家族在不同组织器官、不同发育时期及昼夜节律的表达模式,结果表明在根、茎及花器官中表达水平较高;OsRIP6在播种后83d表达水平最高,而其他成员在播种后48～69 d的表达处于较高水平;昼夜表达的分析结果显示,在光照后10h该基因家族成员的表达水平较高.在ABA、JA激素和干旱胁迫、盐胁迫处理下,OsRIP1～5表达水平上调,OsRIP6在JA、盐胁迫和甘露醇模拟干旱胁迫时表达被抑制.对水稻OsRIP基因家族进行了全面的分析,为进一步揭示OsRIP基因的生物学功能奠定基础.

关键词：水稻、RIP、基因家族、进化分析、表达分析

所属期刊栏目：54

分类号：S792.186(森林树种)

资助基金：国家重点研发计划;国家自然科学基金

在线出版日期：2023-09-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：385-395