甜瓜ADF7基因的克隆与生物信息学分析

摘要：

肌动蛋白解聚因子(actin-depolymerizing factors,ADFs)通过剪切和解聚微丝来调控微丝组织和动态,被认为是肌动蛋白变化的重要调控因子.通过RT-PCR方法扩增得到甜瓜ADF7(CmADF7)基因序列,进行生物信息学分析和组织表达分析.结果表明CmADF7基因的开放阅读框(ORF)为414 bp,编码137个氨基酸,蛋白质理论分子量15.82102 kD,等电点5.32.生物信息学预测该蛋白是不具有跨膜结构的疏水性蛋白,亚细胞定位于细胞质中.基因结构分析显示CmADF7包含3个外显子,2个内含子,其中第1位外显子仅包含起始密码子ATG.结构域分析表明CmADF7具有高度保守的ADF-H结构域,其氨基酸序列为12～137位.同源性与系统进化分析证明CmADF7与同属葫芦科的西瓜的同源ADF亲缘关系较近.利用qRT-PCR分析发现CmADF7基因主要在花中表达,其他组织中检测虽有表达,但表达量都很低.序列分析表明,CmADF7启动子上存在一些参与光响应、胁迫应答及激素调节等相关顺式作用元件.新的甜瓜ADF蛋白结构和组织表达研究,将为进一步探索CmADF7蛋白功能和发掘其他CmADFs奠定基础.

关键词：肌动蛋白解聚因子、CmADF7、甜瓜、克隆、生物信息学分析

所属期刊栏目：51

分类号：S652(瓜果园艺)

资助基金：国家重点研发计划项目;国家自然科学基金项目;国家西甜瓜产业技术体系沈阳综合试验站项目;辽宁省教育厅项目2019-2021;辽宁省"百千万人才工程"项目2019-2021;辽宁省农业科学院院长基金项目

在线出版日期：2020-11-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：417-424