添加生物炭土壤中总DNA最佳提取方法的筛选

摘要：

获得高纯度的总DNA是进行土壤微生物宏基因组学研究的基础,也是分析生物炭作为土壤改良剂对土壤菌群结构影响的关键.由于生物炭对DNA中磷酸骨架的吸附作用,从添加生物炭的土壤中提取总DNA较为困难.为了寻找合适的提取混有生物炭的土壤总DNA的方法,本研究分别采用E.Z.N.A.Soil DNA Kit法(方法1)、改良的E.Z.N.A.Soil DNA Kit法(方法2)、SDS-玻璃珠法(方法3)、Mo-Bio Power Soil DNA Isolation Kit法(方法4)和改良的Mo-Bio Power Soil DNA Isolation Kit法(方法5)对两种类型的混有生物炭的土壤样品进行总DNA的提取,并对提取的DNA进行琼脂糖凝胶电泳分析以及浓度和纯度的测定.结果表明:5种方法均可从土壤中提取到DNA,并且DNA大小一致,条带也比较单一.同时,采用不同的方法从两种混合土样中提取的DNA浓度范围为3.22～37.80μg·g-1干土,且土样1的DNA提取量明显大于土样2的DNA提取量.但是不同方法提取到DNA的产量和质量存在明显差异,其中方法3提取的DNA得率最高,两种土样分别为37.80μg·g-1干土和10.78μg·g-1干土,但是该方法提取的DNA纯度最低,两种土样DNA的A260/A230值仅为0.664和0.684,A260/A280值小于1.6,说明提取产物中存在严重的蛋白质和腐殖酸的污染,不能直接用于PCR扩增.而方法2虽然提取的DNA得率相对较低,但纯度最高,两种土样的A260/A280值分别为1.854和1.844,A260/A230值分别为1.857和1.663,说明蛋白质和腐殖酸的去除较彻底,并且该方法是在商品化的试剂盒基础上进行的改进,操作简单、省时,重复性好.这些研究结果证明方法2即改良的E.Z.N.A.Soil DNA Kit提取方法,提取到的DNA纯度最高,是较为理想的混有生物炭土壤的DNA提取方法,可以满足构建宏基因组文库的要求.

关键词：生物炭、土壤微生物、DNA提取、宏基因组

所属期刊栏目：48

分类号：S154.3(土壤学)

资助基金：公益性行业农业科研专项项目201303095

在线出版日期：2017-10-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：467-471