伴放线放线杆菌中幽门螺杆菌毒力相关基因的生物信息学分析

摘要：

目的:应用生物信息学方法分析幽门螺杆菌(Hp)毒力岛基因和空泡毒素基因在伴放线放线杆菌(Aa)中的存在及序列的变化.方法:用ncbi genbank数据库、蛋白同源性比对(blastP和tblastn)、极大似然法构建进化树和计算序列多态性研究Aa中是否含有Hp的毒力岛基因及空泡毒素基因,分析其相应的序列变异特征.结果:在Aa菌株中含有4个Hp毒力岛基因的同源基因,cagE、cagX、cagY和cagBeta.与其他种属菌株相比,Aa的cagE与Hp有较近的亲缘关系,且Aa菌株含有cagE基因的比列较高;基因多态性分析发现,cagE在两个物种中均有较低的Tajima's D值(负值),两者的Pi值存在明显差异(P<0.01).结论:Aa中含有Hp的部分毒力岛基因,其中cagE在两个物种中有较近的亲缘关系,且受到了负向选择的作用.

关键词：伴放线放线杆菌(Aa)、幽门螺杆菌(Hp)、cagE

所属期刊栏目：36

分类号：R780.2(口腔科学)

资助基金：北京市医管局青年人才培养"青苗"计划;国家自然科学基金;北京市自然科学基金

在线出版日期：2020-04-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：346-350