10.16488/j.cnki.1005-9873.2021.01.005
金针菇实时荧光定量PCR内参基因的筛选
基于金针菇(Flammulinafiliformis)基因组和转录组的测序组装结果,选取13个内参基因(α-TUB、β-TUB、PGM、RPL19C、RPL6、C YC、18S rRNA、Vha68、ACT、GPD、PAS、TEF 和 VSN),通过设计跨内含子引物,分别对金针菇不同菌株(Fy331、Fw12、川金10、Fv296、金黄11 和福建白金)菌丝和Fy331 菌株不同发育阶段(菌丝、原基、幼嫩子实体和成熟子实体)样品进行实时荧光定量PCR(quantitative real time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测,并采用 △Ct 算法和 NormFinder、BestKeeper、GeNorm 等软件对检测结果进行表达稳定性分析,以期筛选出在不同菌株菌丝和不同发育阶段中稳定表达的内参基因.结果表明:Vha68、
TEF和β-TUB基因在不同菌株菌丝中表达稳定;Vha68、ACT和GPD基因在不同发育阶段样品中表达稳定.综合评价与qRT-PCR验证分析结果显示,Vha68和TEF、Vha68和ACT分别适合作为金针菇不同菌株菌丝、不同发育阶段qRT-PCR 检测基因表达的最佳内参基因.
金针菇、Ct 算法、NormFinder、BestKeeper、GeNorm
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国家自然科学基金;2019年山西省研究生教育创新资助项目;山西省煤基重点科技攻关项目
2021-03-19(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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