利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异

摘要：

利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)双核菌株‘杏韩’及其原生质体单核化菌株‘181'和‘183'菌丝的小RNA文库进行测序分析.将测序获得的高质量reads与Rfam数据库和刺芹侧耳基因组测序数据进行比对,发现来源于rRNA、tRNA、snRNA和snoRNA等非编码RNA的reads占47.4％,来源于mRNA降解的reads占15.5％.将剩余的37.1％ reads与miRBase数据库比对,发现946条小RNA匹配数据库中其他物种的成熟miRNA.进一步对这些小RNA在单核菌株和双核菌株中的表达量进行比较,发现双核菌株中高表达量的小RNA比单核菌株中多19.4％.单核和双核菌株差异表达小RNA分析结果显示,单核菌株中只有39条小RNA表达量上调,而双核菌株中有196条小RNA表达量上调.

关键词：刺芹侧耳、转录组测序、小RNA

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资助基金：上海市科技兴农重点攻关项目[沪农科攻字2015第6-2-1号;上海食用菌工程技术研究中心;上海市农业科学院2020年度农业科技创新支撑领域研究专项

在线出版日期：2020-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：17-23