胆道闭锁差异基因及微小RNA-信使RNA调控网络的生物信息学分析

摘要：

目的:基于生物信息学方法挖掘胆道闭锁(BA)差异表达基因(DEGs)并初步构建微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络，探索其在BA中的分子调控机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载数据集GSE46960，利用GEO2R在线工具分析BA和正常肝组织之间的DEGs，利用注释、可视化和富集发现数据库(DAVID6.8)对DEGs进行富集和功能注释。基于蛋白质互作数据库(STRING11.0)和Cytoscape_v3.7.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络，分析其关键基因。通过人类miRNA疾病数据库(HMDD_V3.2)查询与BA相关且经过验证的miRNA，并利用miRNA目标预测数据库(miRDB)预测其靶基因。将预测的靶基因和GSE46960中的差异表达基因求得交集，获得miRNA、mRNA相互作用关系。利用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络图。结果:从GSE46960数据集中共获得565个DEGs，其中352个为上调基因，213个为下调基因。其中上调的DEGs显著富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑激酶、阿米巴病通路、磷酸酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路中，下调的DEGs显著富集于新陈代谢、抗生素的生物合成、视黄醇代谢通路中。根据PPI网络，筛选出10个关键基因。在DEGs基础上成功构建了BA miRNA-mRNA分子调控网络。结论:通过生物信息学筛选出的DEGs及构建的miRNA-mRNA调控网络有助于全面了解BA发生的分子机制，为探索联合miRNA及DEGs作为临床诊断及治疗的分子靶点提供了新方向。

关键词：胆道闭锁、生物信息学、差异表达基因、微小RNA、调控网络

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资助基金：国家卫生与计划生育委员会重大公益性专项201402007;Special Scientific Research Fund in National Health and Family Planning Commission of China201402007

在线出版日期：2023-05-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1421-1425