肝癌细胞中VIPR1互作蛋白质谱分析及肝癌预后模型的构建

摘要：

目的:寻找与血管活性肠肽受体1(vasoactive intestinal peptide receptor 1,VIPR1)相互作用的蛋白并构建肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型.方法:采用免疫共沉淀技术(Co-immunopre-cipitation,Co-IP)筛选Flag标签抗体结合的蛋白复合体,采用SDS-PAGE银染实验和Western blot进行验证,采用质谱分析(liquidchromatograph-mass spectrometer,LC-MS)获得VIPR1 的互作蛋白,采用生物信息学软件和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas project,TCGA)数据库筛选hub互作蛋白、富集分析、构建HCC预后模型并采用国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)中LIHC数据和GSE14520 数据集作为外部数据对其预测准确性进行验证.结果:得到 196 个VIPR1 的互作蛋白,筛选出8 个关键模块共104 个hub互作蛋白,主要与细胞骨架、核糖体的功能和细胞免疫密切相关,获得7 个关键蛋白并构建了HCC预后Lasso回归模型,随后在两个外部数据集中验证了该模型在预测HCC预后方面具有可接受的准确性及临床适用性.结论:VIPR1 的互作蛋白可促进HCC发生发展,其中关键蛋白构建的HCC预后模型有良好的准确性.

关键词：VIPR1、HCC、免疫共沉淀、质谱、预后

所属期刊栏目：31

分类号：R735.7(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;广西壮族自治区科技厅自然科学基金项目;广西高校中青年教师科研基础能力提升项目

在线出版日期：2023-10-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：3176-3182