基于GEO芯片数据的肝癌关键生物标志物的筛选与鉴定及生物信息学分析

摘要：

目的 基于生物信息学分析方法,获取与正常肝组织具有表达差异、且与肝癌患者生存、病理参数密切相关的肝癌基因.方法 通过GEO数据库获取三组肝癌芯片表达谱,利用GEO2R鉴定肝癌组织与正常肝组织具有表达差异的基因;应用DAVID数据库,富集差异表达基因;使用STRING数据库及Scytoscape软件,构建核心差异基因的蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI),并通过UCSC Cancer Genomics Browser网站在TCGA数据库中验证关键差异基因在肝癌中的表达情况;基于Kaplan Meier-Plotter及UALCAN在线分析工具,挖掘关键基因在肝癌组织中的mRNA表达与临床病理参数的关系.结果 从三个芯片数据集中鉴定出74个共同差异表达基因;这些基因显著富集在细胞外小体、细胞外间隙、氧化还原等生物过程;PPI网络分析共聚焦到15个基因,其中8个基因与肝癌患者的总生存率相关,5个基因与肝癌的分级、分期相关.结论 ANLN,ECT2,HMMR,KIF20A,NCAPG,PBK,RACGAP1和ZWINT等基因可作为肝癌诊断和治疗的候选靶点,为临床诊治提供新的思路.

关键词：肝癌、差异表达基因、生物信息学分析

所属期刊栏目：35

分类号：R735.7;R730.43(肿瘤学)

资助基金：陕西省社会发展科技攻关项目;西安交通大学基本科研业务费自由探索与创新-教师类项目

在线出版日期：2020-09-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：26-31