利用小RNA深度测序技术鉴定白芷病毒病病原

摘要：

[目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据.[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位.[结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22158005个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示比对到黄瓜花叶病毒(Cu-cumber mosaic virus,CMV)3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14％、1.28％和1.10％.利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列.通过序列比对分析,发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物(CMV-SD-YT和CMV-SXCH)和(CMV-SD-QD)的相似性最高,分别为99.1％和99.5％;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高,为99.3％和99.0％.MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BZ与中国大多数CMV分离物聚为一类,属于CMV亚组Ⅰ中的成员.[结论]首次在山西白芷上检测到CMV,该研究有助于深入了解CMV的分子进化,为白芷产业的健康发展提供一定启示,也为病毒病的防治提供一定的理论依据.

关键词：白芷、黄瓜花叶病毒、小RNA深度测序

所属期刊栏目：43

分类号：S432.41(病虫害及其防治)

资助基金：山西省基础研究计划项目;山西农业大学科技创新基金项目;现代农业产业技术体系

在线出版日期：2023-05-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：75-81