基于小RNA深度测序和RT-PCR检测侵染大豆的病毒种类

摘要：

[目的]大豆病毒病的发生影响大豆的产量和品质.本研究应用小RNA深度测序技术检测山西省太谷县侵染大豆的病毒种类,研究结果可以为防控大豆病毒病提供依据.[方法]2019年在山西省晋中市太谷县大豆田调查大豆病毒病发生情况,并采集36份样品进行小RNA深度测序,经RT-PCR检测和序列测定分析结果明确山西省侵染大豆的病毒种类.[结果]太谷县所调查大豆的主要症状是叶片变色、畸形和植株矮化等.采集有典型症状的36份样品经小RNA深度测序共获得32716152条小RNA序列.将拼接获得的contigs与NCBI数据库进行比对,最终获得377个被注释的contigs,包括黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)105条contigs、大豆花叶病毒(soybean mosaic vi-rus,SMV)267条contigs、蚕豆萎蔫病毒2号(broad bean wilt virus 2,BBWV-2)5条contigs.选用以上病毒的特异性引物进行RT-PCR检测,选取病毒阳性样品进行序列测定和分析,验证了小RNA深度测序分析的结果.获得了CMV、SMV和BBMV2山西太谷大豆分离物(STS)的部分序列(GenBank登录号为MW556479,MW556478和MW556484),与来自NCBI数据库中不同地区的病毒分离物序列分别进行了比较,同源一致性为93.59％～99.59％.在采集的大豆样品中可以检测到CMV、SMV和BBWV-2三种病毒,检出率分别为97.2％、94.4％和13.9％.其中34株样品均为不同病毒的复合侵染,复合侵染率为97.1％,同时被CMV和SMV侵染的样品有29株,同时被3种病毒侵染的样品有5株.[结论]危害山西省太谷县大豆的病毒有CMV、SMV和BBWV-2,其中CMV、SMV为优势病毒,应控制毒源和传毒媒介来降低该地区大豆病毒病发生危害.

关键词：大豆病毒病;小RNA深度测序;RT-PCR检测;病毒检测

所属期刊栏目：41

分类号：S432.4+1(病虫害及其防治)

资助基金：北京市科学技术协会2020-2022年度青年人才托举工程项目;北京农学院青年科学基金

在线出版日期：2021-09-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：25-32