基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析

摘要：

[目的]温带臭虫(Cimex lectularius)是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生.探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础.[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征.[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171 unigene序列中.其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74％,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个(20.68％)和764个(16.06％),四核苷酸重复有195个(4.10％),而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次(0.42％).在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有2 757个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个.在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型46 634个,占60.91％,颠换类型29 928个,占39.09％.碱基转换类型比例高于颠换类型.6种单碱基变异类型中,C-T发生频率最高,比例为30.69％,其次为A-G,比例为30.22％.[结论]温带臭虫转录组中SSR和SNP位点数量多,出现频率高,且类型丰富.

关键词：温带臭虫、转录组、微卫星、单核苷酸多态性

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分类号：Q968.9(昆虫学)

资助基金：国家自然科学基金31501840;山西农业大学博士后科学基金134845;山西省高等学校科技创新项目2017169;国家级大学生创新创业项目2017361

在线出版日期：2019-07-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：52-57