基于RNA-seq筛选NSUN2调控的A549细胞差异表达基因

摘要：

检测了NSUN2在非小细胞肺癌细胞中导致的基因表达变化,可为深入研究NSUN2介导肺癌发生发展的分子机制提供更多生物学依据.采用慢病毒干扰技术,构建了稳定干扰NSUN2基因的A549细胞株,鉴定了干扰效率.以无关序列组细胞为对照,采用转录组测序技术对干扰细胞株基因表达谱进行分析,进一步筛选了差异表达基因(DEGs).通过GO分析、KEGG pathway和GSEA富集分析,探讨了NSUN2调控的DEGs参与的生物学过程及相关通路.结果表明,与对照组细胞相比,在NSUN2低表达的A549细胞中共有1236种DEGs,其中上调基因有957个,下调基因有279个;GO富集分析发现,DEGs主要参与细胞信号传递、外部刺激反应、细胞粘着、离子通道等多个生物学过程;GSEA富集和KEGG富集分析共同显示,NSUN2干扰表达后,差异基因主要富集在整合素信号途径;进一步筛选出与整合素信号途径相关的3个关键基因(ITGβ1、ITGα5和ITGα9),RT-qPCR验证其表达水平与测序结果一致.

关键词：NSUN2、非小细胞肺癌、差异表达基因、生物信息学分析

所属期刊栏目：38

分类号：Q25(细胞生理学)

资助基金：陕西省教育厅科学研究计划项目20JY006

在线出版日期：2022-05-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：58-65