BEguider:一个单碱基编辑器sgRNA设计与编辑效率预测工具

摘要：

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关.目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成.本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱基编辑器sgRNA序列设计工具BEguider.BEguider利用TensorFlow 2 深度学习框架建立编辑效率预测模型,能够在人基因组范围内针对NGG PAM序列依赖的单碱基编辑器ABE7.10-NGG和BE4-NGG批量设计sgRNA序列,预测编辑效率.此外,通过整合Cas-OFFinder,BEguider能够提供对sgRNA脱靶情况的评估.利用BEguider设计sgRNA序列,有助于研究人员提高实验效率,节约实验成本.

关键词：CRISPR/Cas9、单碱基编辑器、sgRNA设计、编辑效率、卷积神经网络

所属期刊栏目：21

分类号：Q78;TP391(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金No.32070603

在线出版日期：2023-06-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：106-113