氯雷他定的生物信息学分析及其对COVID-19的潜在治疗意义

摘要：

为探讨氯雷他定对新型冠状病毒肺炎的潜在治疗作用.从基因表达谱数据库(Gene expression omnibus,GEO)获取氯雷他定数据,分别进行差异分析、基因本体学(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络分析并筛选关键基因,使用本课题组前期建立的表观精准治疗预测平台(Epigenomic Precision Medicine Prediction Platform,EpiMed)进行关联分析,筛选出负相关疾病、正相关药物及体内作用靶点,并在中、英文数据库中检索冠状病毒与关键基因作用的相关文献加以验证.共筛选出差异基因642个,其中上调230个,下调412个.其中,GO富集的基因大多参与炎症反应、激素作用和糖脂代谢等过程,KEGG通路富集主要和多种病毒感染、炎症介质、补体和凝血、消化道损伤、心律失常和氧化应激等过程或功能相关.结合EpiMed的预测结果,发现氯雷他定对全基因组表达谱的影响复杂,在PPI中,共得到642个蛋白,筛选出10个关键基因(Hub gene),主要与神经信号传导、磷酸化和炎症反应等功能相关,在EpiMed的结果中,预测出氯雷他定可能具有潜在治疗作用的疾病,包括严重急性呼吸综合征(SARS)、流行性感冒、社区获得性肺炎、严重脓毒症、呼吸道合胞病毒感染等,预测出对COVID-19可能具有治疗作用的药物,包括泛昔洛韦、奈韦拉平、氟伐他汀、磷酸氯喹、TNF-α抑制剂、金银花、虎杖、柴胡和知母等.通过文本挖掘,共检索到14篇冠状病毒与关键靶点作用相关的文献,验证了关键靶点的有效性.得出如下结论:氯雷他定对心脏调节,免疫反应,氧化应激和病毒感染等过程或通路具有调控作用,其可能在抗病毒的同时,还具有免疫调节和器官保护功能,对COVID-19危重症患者有潜在的治疗意义.

关键词：氯雷他定、冠状病毒、基因表达谱、临床生物信息学、EpiMed

所属期刊栏目：19

分类号：Q93(微生物学)

资助基金：国家老年疾病临床医学研究中心招标课题;解放军总医院转化医学项目

在线出版日期：2021-07-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：92-104