hsa-miR-192-3p的靶基因预测及功能分析

摘要：

通过生物信息学方法预测hsa-miR-192-3p的靶基因及其靶基因的可能功能.首先通过miRbase在线数据库对hsa-miR-192-3p的碱基序列及序列在各物种间的保守性进行分析,再通过miRGator v3.0在线数据库查看hsa-miR-192-3p在各个组织器官中的表达丰富度情况;其次,应用TargetScan和miRanda在线数据库预测hsa-miR-192-3p的靶基因;最后,将预测得到的两个数据库的靶基因交集用DAVID在线数据库进行功能富集分析和信号转导通路富集分析.结果表明:hsa-miR-192-3p在人、家鼠、猕猴等生物中存在高度保守性;hsa-miR-192-3p在胃肠道、肾脏、肝胆系统、干细胞、鼻、脾、胸腺中表达丰富度较高;通过两个靶基因预测软件预测的靶基因取交集后共有190个;功能富集分析发现hsa-miR-192-3p靶基因富集在细胞质、细胞核、质膜、高尔基体等15个细胞组件(p<0.05),参与蛋白结合、GTP酶活性、锌离子跨膜转运蛋白活性等7个分子功能(p<0.05),涉及金属离子运输、RNA聚合酶II启动子的转录阳性调控、基因表达调节、钙离子跨膜运输、胚胎发育等18个生物过程(p<0.05);预测靶基因集合显著富集于癌症通路与催乳素信号通路中(p<0.05).得出结论:hsa-miR-192-3p预测的靶基因集合富集于多个生物过程,与肿瘤密切相关,生物信息预测为今后的研究奠定了一定的理论基础,为后续实验验证提供了研究方向.

关键词：hsa-miR-192-3p、信号转导通路、功能富集分析、癌症

所属期刊栏目：16

分类号：R34(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：国家自然科学基金面上项目81070128;沈阳市"高层次创新人才计划"项目RC170408;辽宁省重点研发计划2018225013;沈阳医学院硕士研究生科研创新基金项目Y20170609;沈阳中青年创新支持计划RC180379;教育部留学启动基金20121707;人力资源与社会保障部科技项目择优资助2015

在线出版日期：2019-01-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：262-268