基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

摘要：

根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错.本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息.通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息.本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考.

关键词：Perl脚本、基因序列、物种分类信息、NCBI

所属期刊栏目：16

分类号：Q343.1(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31560038和81473455;江西省自然科学基金资助项目20171BAB205087;江西中医药大学2017年校级大学生创新创业训练计划项目

在线出版日期：2018-10-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：170-177