肠道病毒71型感染相关调控枢纽基因筛选

摘要：

肠道病毒71型(enterovirus 71)是引起婴幼儿手足口病的重要病原体,目前尚无特效抗病毒药物,并且宿主对病毒感染的应答研究有限.为深入研究病毒感染后宿主调控机制,分析了EV71感染RD细胞的基因表达芯片数据,筛选到与感染时间相关的6642个差异基因;同时使用加权基因共表达网络分析方法(WGCNA)构建基因调控网络,得到和病毒感染时间呈强正负关联的pink模块和darkgreen模块.结果表明:GO分析发现目标模块分别富集于前剪切体的反式组装与翻译起始,KEGG Pathway富集分析发现pink模块没有显著的通路富集,darkgreen模块通路富集于核糖体相关通路;Visant展示目标模块的调控网络并筛选出pink模块枢纽基因RPS4X、HSPA13、CXCL9、CD55与darkgreen模块枢纽基因ABLIM1、MPDU1、SUPT7L、CTSS.qPCR验证的3个持续上调的基因TXNIP、EGR1、c-FOS和8个枢纽基因的转录水平与芯片数据一致,其中TXNIP、EGR1、c-FOS表达上调超过2.5倍,CXCL9下调4.5倍.这些关键基因的发现可能为EV71感染机理的研究和药物研发提供参考.

关键词：肠道病毒71型(EV71)、加权基因共表达网络分析、GO分析、枢纽基因、感染关联模块

所属期刊栏目：15

分类号：R373.2(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：湖北省自然科学基金重点项目2014CFA075;武汉市科技局应用基础研究计划项目2015060101010033

在线出版日期：2018-01-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：242-248