一种基于基因拓扑重要性的通路识别方法

摘要：

癌症相关通路的识别是认识癌症发生发展过程机制的生物学基础.已有的通路识别方法很少考虑基因在通路中的拓扑重要性.重叠基因降权(PADOG)方法在基因集分析(GSA)方法的基础上融入了基因特异性的影响,提高了癌症相关通路的识别性能.为进一步提高癌症相关通路的识别性能,首先统计了KEGG通路数据集中基因出度的分布情况,根据基因出度的大小定义了基因的重要性.最后将基因的特异性和重要性融合在一起,提出了一种基于基因重要性和特异性的通路分析方法PAGIS.在结肠癌、肺癌和胰腺癌3个数据集上的实验结果表明,PAGIS方法比PADOG能够提高很多癌症相关的排名,从而提高癌症相关通路的识别效果.

关键词：癌症、基因表达谱、通路分析、基因特异性、基因重要性

所属期刊栏目：15

分类号：TP311.13;R730.5(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金61572367,61272018,61573017;浙江省自然科学基金lq17c060001;温州大学研究生创新基金3162014037

在线出版日期：2018-01-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：214-220