SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动分类分析

摘要：

蛋白质折叠规律研究是生命科学领域重要的前沿课题之一,蛋白质折叠类型分类是折叠规律研究的基础.本研究以SCOP数据库的蛋白质折叠类型分类为基础、以Astral SCOPe 2.05数据库中相似性小于40％的α、β、α+β及α/β类所属的折叠类型为研究对象,完成了989种蛋白质折叠类型的模板构建并形成模板数据库;基于折叠类型设计模板建立了蛋白质折叠类型分类方法,实现了SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动化分类.家族模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:95.00％、99.99％、0.94与90.00％、99.97％、0.92,折叠类型模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:93.71％、99.97％、0.91与86.00％、99.93％、0.87.结果表明:模板设计合理,可有效用于对已知结构的蛋白质进行分类.

关键词：折叠设计合理、模板数据库、分类方法

所属期刊栏目：15

分类号：Q51(蛋白质)

资助基金：国家自然科学基金21173014;北京市自然科学基金4112010

在线出版日期：2017-09-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：78-83