靶向番茄SlACS2基因CRISPR-Cas9 sgRNA的设计和分析

摘要：

番茄为呼吸跃变型果实,伴随呼吸跃变产生大量乙烯,即系统II乙烯,易使番茄果实过熟,导致腐烂变质.SlACS2是番茄系统II乙烯合成的限速酶,通过CRISPR-Cas9基因组编辑系统修饰该基因,调控系统II乙烯过量表达,将迟滞番茄过熟.本研究基于RNA-seq建立了SlACS2基因的数字表达谱,表明该基因呈果实特异性表达,在植株的根、茎、叶等部位不表达.SlACS2位于番茄1号染色体,含4个外显子和3个内含子.利用在线工具CRISPRdirect 和CRISPR-P发现第1、2、3外显子分别具有18、9和11条sgRNA.其中,sgRNA1-14和sgRNA3-8及二者的近PAM的12 nt 种子序列在番茄基因组是唯一序列,GC含量高于40%,不存在TTTT终止序列.BLAST结果表明,sgRNA1-14和sgRNA3-8与GenBank公布的8条SlACS2同源序列高度一致,位于该基因的保守区,而与SlACS4和SlACS6的同源序列存在多个SNP,预示这2条sgRNA可用于番茄不同品种SlACS2基因的靶向编辑,并可规避对SlACS家族其他同源基因的脱靶效应.

关键词：番茄、ACC合成酶2、sgRNA、CRISPR-Cas9、基因组编辑

所属期刊栏目：15

分类号：Q986;S641.2(人类学)

资助基金：国家自然科学基金;基础研究项目

在线出版日期：2017-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：7-15