鮰爱德华菌外膜蛋白OmpLC基因的生物信息学分析

摘要：

采用PCR方法从鮰爱德华菌基因组中扩增出外膜蛋白OmpLC基因,利用生物信息学相关软件和网络数据库,预测该基因编码产物的基本理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜性、二级结构、结构域及基序、以及三级结构,同时构建OmpLC同源基因的系统发育进化树.结果表明:该蛋白由360个氨基酸组成,分子量为39.407 kD,理论等电点为4.98,不稳定系数为18.26,是一种稳定的强亲水性蛋白,有信号肽,成熟蛋白无跨膜螺区.其二级结构中α螺旋、β折叠和无规则卷曲分别占6.67％、45.28％和48.06％,其空间结构为β桶状,属于OM_channels supedamily的gram_neg_porins成员.蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,该蛋白序列与OmpLC蛋白(AEQ59632、AEQ59639)具有高度同源性,且在系统发育树上与二者聚为一簇.鮰爱德华菌OmpLC的生物信息学分析不仅为进一步探索该蛋白的功能提供参考资料,也为研究鮰爱德华菌的感染和致病机理,研制相关疫苗提供理论依据.

关键词：鮰爱德华菌、外膜蛋白、结构预测、生物信息学

分类号：S968.25(水产养殖技术)

资助基金：国家自然基金面上项目31172421;四川省科技支撑项目2016NZ0044;西南民族大学研究生学位点建设项目2016XWD-S071007

在线出版日期：2016-08-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：61-70